1989年，天祝县隶属甘肃省武威行政公署，2001年5月9日，撤销武威行政公署，建立武威市，天祝县隶属甘肃省武威市。 

1989年，天祝县辖5镇17乡，5镇是华藏寺镇、安远镇、炭山岭镇、打柴沟镇、哈溪镇，17乡是柏林乡、抓喜秀龙乡、大红沟乡、毛藏乡、祁连乡、旦马乡、朵什乡、西大滩乡、东大滩乡、松山乡、钱宝乡、石门乡、朱岔乡、天堂乡、赛什斯乡、赛拉隆乡、东坪乡；全县有4个居民委员会、188个村民委员会、767个村民小组。2002年10月，撤销赛什斯乡、石门乡、钱宝乡，建立赛什斯镇、石门镇、钱宝镇。 

2004年9月12日，对县内行政区划进行调整，撤销柏林乡，将其所辖柏林、阳洼台、野雉沟、黄草、韭菜沟5个村民委员会划归华藏寺镇，石板沟、上庙儿沟、下庙儿沟3个村民委员会划归打柴沟镇；松山乡和钱宝镇合并，成立松山镇；撤销朱岔乡，其辖区划归天堂乡。2005年，全县有8镇11乡，8镇是华藏寺镇、安远镇、炭山岭镇、打柴沟镇、哈溪镇、松山镇、石门镇、赛什斯镇，11乡是抓喜秀龙乡、大红沟乡、毛藏乡、祁连乡、旦马乡、朵什乡、西大滩乡、东大滩乡、天堂乡、赛拉隆乡、东坪乡。全县有172个村民委员会、758个村民小组，17个社区居民委员会。